После избијања Другог светског рата у Југославији Немци су ухапсили патријарха Гаврила у манастиру Острогу 1941. године. Прошао је кроз затворе у Сарајеву и Београду, интернације у манастирима Раковици и Војловици, затим је са епископом Жичким Николајем одведен у злогласни логор Дахау.
Сломом Југославије Српска Православна Црква је потпала под разне окупационе власти… Српска Православна Црква претрпела је велике губитке и доживела велика страдања на целом свом простору, посебно у НДХ. Само у босанском делу Далматинске епархије порушено је и попаљено 18 цркава, а оне које није задесила ова судбина биле су опљачкане и онеспособљене за богослужбену употребу. У Сремској епархији порушено је и попаљено 44 цркве и манастира, у Горњокарловачкој 157 цркава, у Славонској 55 цркава је срушено до темеља, разорена су три манастира и 25 парохијских домова. Таква слика је била и у другим епархијама НДХ. Током рата стотине хиљада православних Срба и стотине православних свештеника је убијено, одведено у логоре и протерано са својих огњишта. Многи православни верници су насилно превођени у римокатолицизам. Стотине манастира, цркава и капела је срушено, запаљено и опљачкано. Нарочито је страдала виша црквена јерархија. У току рата Српска Црква је изгубила девет архијереја. Усташе су убиле: митрополита Дабробосанског Петара Зимоњића, епископа Бањалучког Платона Јовановића, епископа Горњокарловачког Саву Трлајића, а Немци епископа Чешкоморавског Горазда Павлика. Митрополит Загребачки Доситеј је у затвору у Загребу малтретиран и претучен, тако да је од последица мучења по пребацивању у Србију ускоро умро. Исту судбину је доживео епископ Захумско-Херцеговачки Николај. Са епархија су протерани од бугарских окупационих власти митрополит Скопски Јосиф и епископ Злетовско-Струмички Викентије. Немци су на силу довели из НДХ у Београд епископа Зворничко-Тузланског Нектарија да би учествовао у раду прве седнице Светог архијерејског синода под окупацијом, а мађарске власти су из Прикарпатске Русије протерале епископа Мукачевско-Прјашевског Владимира. У Албанију је интерниран епископ Рашко-Призренски Серафим, где је и умро, а у Италију епископ Далматински Иринеј Ђорђевић. Немачке власти су ухапсиле епископа Жичког Николаја Велимировића и држале га затвореног у манастирима Љубостињи и Војловици. Ван своје архидијецезе у Сплиту је 1941. године умро викарни епископ из Сремских Карловаца Валеријан Прибићевић. На његово место у Сремским Карловцима није могао доћи нови епископ; усташе су из Сремских Карловаца опљачкале и однеле у Загреб све што је припадало Српској Православној Цркви. На својим епархијама је остало само девет епископа. Били су ово ненадокнадиви губици за Српску Православну Цркву.
У свој овој несрећи Српска Православна Црква је имала срећу да је у току рата утамниченог патријарха Гаврила замењивао митрополит Скопски Јосиф. Захваљујући њему Српска Црква није била обезглављена већ мудро вођена. Остао је на челу Цркве до повратка патријарха Гаврила.
После доста одуговлачења комунистичке власти су дозволиле да се патријарх Гаврило врати у земљу. Приспео је у Београд 14. новембра 1946. године и преузео кормило Цркве. Стари патријарх се сусрео са много проблема. Прогоњење и понижавање Цркве је настављено и под новим комунистичким властима. Хапшени су епископи и свештеници и осуђивани на дуге временске казне; многи су били утамничени без пресуде. Велики број свештеника је убијен. Власти су се нарочито окомиле на епископе. Убијен је у околини Аранђеловца митрополит Црногорско-Приморски Јоаникије. Бачки епископ Иринеј Ћирић је 17 месеци држан у кућном притвору. По пуштању на слободу претучен је и после дуже болести је умро. Митрополит Скопски Јосиф је 18 месеци био заточен у манастирима Жичи и Љубостињи, после чега се тешко разболео. Митрополит Црногорско-Приморски Арсеније Брадваревић и викарни епископ Хвостански Варнава Настић издржали су вишегодишње казне затвора. Од епископа који су били у иностранству трн у оку властима су били Иринеј Ђорђевић, Николај Велимировић и Дионисије Миливојевић, који су деловали у САД. Нажалост, ни до данас није утврђен број жртава комунистичког режима.
Држава се, и поред одвајања од Цркве, мешала у црквене послове: одузете су јој матичне књиге, уведен је грађански брак, укинута је веронаука у школама, фондови за издржавање пензионисаних свештеника и њихових удовица прешли су у надлежност Министарства рада, укинуто је свештеницима социјално осигурање. Законом о аграрној реформи Цркви је одузето 70.000 хектара обрадиве земље и шума, национализовано 1180 грађевина. Одузето је више епископских конака. Оно што је било још страшније јесте рушење манастира и цркава у појединим местима. Локалне власти су ометале, понегде и забрањивале свештеницима да врше своје дужности. Забрањен је повратак епископима на епархије и свештеницима на парохије у Јужној Србији, због чега је у том делу Цркве продужено хаотично стање из окупације.
Друга битна одлука сабора јесте промена Устава СПЦ. Држава је искључена из одлучивања о црквеним питањима, у складу са одредбама Устава о одвајању Цркве од државе. Прихваћен је предлог да се убудуће не даје изјава (заклетва) верности шефу државе. Циљ ових промена је поред прилагођавања новонасталој ситуацији и покушај Цркве да се заштити од притисака и мешања државе у њене послове. На следећем заседању Светог архијерејског сабора 1948. године уступљена је Чешкоморавска епархија под јурисдикцију Руске Православне Цркве.
Са обнављањем рада богословских школа у новој ситуацији није ишло лако. Власти су одуговлачиле са издавањем одобрења за почетак рада богословија под изговором да се за то још нису стекли услови. После рата у тешким приликама продужио је са радом Богословски факултет у саставу Београдског универзитета. Рад призренске Богословије је обновљен тек 1947. а Богословије Св. Саве у манастиру Раковици код Београда 1949. године. Ништа није било боље ни са издавачком делатности. Гласник Српске православне патријаршије током рата и непосредно после рата излазио је повремено. Од 1. марта 1946. године излазио је сваког првог у месецу. До 1950. године уређивао га је протојереј-ставрофор Никола Т. Алагић. Велики Календар Црква излазио је у току окупације и после рата до 1949. године. Године 1946. почео је да излази мали џепни Календар. Главни савез Удружења православних свештеника Југославије са седиштем у Београду почео је 1949. године да издаје новине Весник, намењене парохијском свештенству.
Патријарх Гаврило је умро изненада 6. маја 1950. године. За новог патријарха 1. јула је изабран и већ 2. јула 1950. године устоличен Викентије Проданов. Патријарх Викентије спада у ред изузетно способних јерараха СПЦ. Вештим манервисањем успео је да се одупре притиску власти да се призна тзв. ”Македонска православна црква”. Он је најзаслужнији и за то што су свештеници и лица запослена у Цркви добила право на здравствену и социјалну заштиту. Пошто су власти 15. фебруара 1952. године укинуле Богословски факултет као државну установу, Црква је преузела бригу око Факултета иако је била у тешком материјалном положају. Патријарху Викентију припадају заслуге за успостављање веза са осталим православним сестринским црквама, које су услед ратних прилика биле ослабиле. За време његовог управљања Црквом изабрано је шест архијереја.
Последње године његовог живота покренут је лист Православни мисионар, који је временом постао најтиражнији лист Српске Цркве. Од 1957. године поново излази Богословље, часопис Богословског факултета. Покренута је 1958. године Православна мисао, часопис за богословску књижевност и црквено-сталешка питања. Права је штета што патријарх Викентије није имао више времена да се бави науком. Из неколико прилога које је објавио у Гласнику Историјског друштва у Новом Саду и Гласнику Српске патријаршије види се да је имао талента за историјска истраживања.
Патријарх Српски Викентије умро је 5. јула 1958. године, изненада, после редовног заседања Светог архијерејског сабора. С обзиром на то да су власти очекивале да овај сабор призна тзв. ”Македонску православну цркву”, што се није догодило, јавиле су се сумње да смрт патријарха Викентија није била природна. Сахрањен је у гробници митрополита Михаила у београдској Саборној цркви.
Два месеца после смрти патријарха Викентија за патријарха Српског је 13. септембра 1958. године изабран епископ Жички Герман Ђорић. На трону Српских патријараха био је више од тридесет година.
Патријарх Герман је уживао велики углед у Светском Савету Цркава. На генералној скупштини Савета у Упсали 1968. године изабран је за првог од шест председника Савета у наредном периоду.
За време патријарха Германа обновљено је и подигнуто доста цркава. Својим средствима подигао је цркву задужбину у своме селу Великој Дренови. Подигнут је манастир Св. Стефана у Сланцима код Београда као метох манастира Хиландара, капела Св. Петке у манастиру Раковици, црква Сабор Српских Светитеља на Карабурми, монументална звонара у Пећкој патријаршији, обновљене су и улепшане многе цркве у Београду и околини, саграђени су многи парохијски домови, сазидана је нова зграда Богословског факултета, нова зграда Богословије у манастиру Крки, а 1985. године су настављени и радови на храму Св. Саве.
Највише заслугом патријарха Германа отворена је 1964. године Богословија Св. Арсенија у Сремским Карловцима, у почетку као одсек београдске Богословије Св. Саве, а касније као самостална школа. Исте године је отворена двогодишња Богословија у манастиру Крки; школске 1966/67. и петогодишња. Обновљен је рад Монашке школе у овчарско-кабларском манастиру Преображењу, а од 1967. године отворена је Монашка школа у манастиру Острогу. Године 1986. почео је са радом Богословски факултет Српске Православне Цркве у Либеритивилу као одсек Богословског факултета у Београду, а од 1988. године као самостална богословско-просветна установа. При Богословском факултету у Београду основан је 1990/91. Богословски институт, на коме школовање траје две године (четири семестра).
Посебне резултате постигао је патријарх Герман на развијању издавачке делатности наше Цркве. Од 1965. године поново излази велики Календар Црква а од 1967. Православље, новине Српске патријаршије. Покренут је и подлистак ових новина Светосавско Звонце, лист намењен деци. Теолошки погледи излазе од 1968. године. Повремено је излазила ревија Српска Православна Црква у прошлости и садашњости на енглеском језику. У кругу патријаршијске зграде саградио је салу и основао Православни народни универзитет, који је у тој сали одржавао јавна предавања за народ.
У време патријарха Германа основано је више нових епархија.
Догодила су се у овом периоду и два раскола у Српској Православној Цркви: 1963. године Амерички, који је превазиђен, и 1967. године Македонски, који још траје.
Патријарх Герман је због болести умировљен 1990. године. Умро је 27. августа 1991. године и сахрањен у цркви Светог Апостола и Евангелиста Марка у Београду.
После умировљења патријарха Германа, 1. децембра 1990. године за патријарха је изабран епископ Рашко-Призренски Павле. Одмах по ступању на патријарашки трон почео је да ради на измирењу и сједињењу двеју јерархија Српске Православне Цркве у Америци и Канади. Овај раскол, који је српском народу и Цркви нанео доста штете превазиђен је 1992. године поновним васпостављањем канонског јединства.
Време делања патријарха Павла је изузетно тешко. Распад Југославије пратила су ратна страдања и разарања у Хрватској и у Босни и Херцеговини. На великом делу овог простора српски народ је прогнан са својих огњишта заједно са својим епископима и свештеницима. Страдао је и народ и црквене грађевине. Према до сада прикупљеним и објављеним подацима, на овим просторима, у борбеним дејствима или после прогона српског народа, од 1991. до 1995. године разорена су многа црквена здања.
Комплетан списак разорених светиња, уз фотографије, можете погледати на адреси
http://www.spc.yu/Genocid/index.html
Овоме треба додати страдање српског народа и српских светиња на Косову и Метохији, нарочито после доласка међународних снага КФОР-а на овај простор 13. јуна 1999. године. Према објављеним подацима, од јуна до октобра 1999. године уништено је, опљачкано или оскрнављено 76 цркава и манастира. Од овог броја, са пратећим објектима запаљено је 64 храма, једанпут је минирано 39, по други пут 14, разнети су остаци 5 и уклоњен траг постојања 1 храма.
Списак, са фотографијама пострадалих српских светиња на Косову и Метохији можете погледати на адреси
http://www.decani.yunet.com/destroyedchurch.html
У овом претешком времену, обележеном страдањем српског народа и рушењем његових светиња, ипак је трудом свештенства и народа у многим епархијама Српске Православне Цркве подигнут знатан број нових храмова и црквених објеката. У самој Београдско-Карловачкој епархији подигнуте су цркве:
-Светог Јована Владимира у насељу Медаковић;
-Светог Кнеза Лазара-Лазарица у Земун – Пољу;
-Светог Трифуна у Малом Мокром Лугу;
-капела посвећена Светом Преображењу на Видиковцу.
У изграњи је десетак нових храмова у насељима у којима раније није било цркава, и то:
-црква Свете Недеље у Великом Мокром Лугу;
-Неруктворени Лик Господњи у Зуцама;
-Светог Василија Острошког на Бежанијској Коси;
-Светога Томе на Новом Бежанијском Гробљу;
-Светог Јована Милостивог на Гробљу Лешће;
-Светог Прокопија на Гробљу Орловача;
-Свете Тројице у Сремчици, Свете Петке на Чукаричкој Падини;
-Свете Петке у Рушњу;
-Покрова Пресвете Богородице у Баричу;
-Светог Димитрија на Новом Београду.
Добијене су локације за храмове: Светог Василија Острошког на Бањици; Светог Преображења у улици Крушевачкој; Светог Луке у Крњачи; Светог Луке у Кошутњаку; Светог Пантелејмона у Мирјеву; Светог Јоакима и Ане у Калуђерици; Светог Кирила и Методија у Јајинцима.
За време патријарха Павла изабрано је 17 нових епископа: епископ Осјечкопољски и Барањски Лукијан (Владулов); Банатски, касније Захумско-Херцеговачки др Атанасије (Јевтић), умировљен 1999.; Рашко-Призренски Артемије (Радосављевић); Средњеевропски Константин (Ђокић); Бихаћко-Петровачки Хризостом (Јевић); Тетовски, данас Западноамерички Јован (Младеновић); Врањски Пахомије (Гачић); Хвостански, данас Тимочки Јустин (Стефановић); Аустралијско-Новозеландски, данас Западноевропски Лука (Ковачевић); Браничевски Игњатије (Мидић); Аустралијско-Новозеландски митрополије Новограчаничке, данас Славонски Сава (Јурић); Милешевски Филарет (Мићевић); Далматински Фотије (Сладојевић); Хумски, данас Захумско-Херцеговачки Григорије (Дурић). Викарни епископи: Хвостански Атанасије (Ракита); Будимљански Јоаникије (Мићовић) и Јегарски Порфирије (Перић).
Обновљено је и основано више епархија.
Обновљена је Богословија на Цетињу 1992. године. Отворена је 1994. године Духовна академија Светог Василија Острошког у Србињу (Фоча) и Богословија у Крагујевцу 1997. године, као одсек Богословије Светог Саве у Београду.
Основана је Информативна служба Српске Православне Цркве ”Православље Прес”.
Данас Српска Православна Црква има 39 епархија у земљи и расејању, 39 епископа, од тога су 34 са епархијама, 3 викарна и 2 умировљена.
Поред многобројних и претешких архијерејских обавеза Патријарх Павле је налазио времена да се бави просветним и научним радом. Још као Рашко-Призренски епископ у недостатку професорског кадра често је у Богословији Светог Кирила и Методија у Призрену држао предавања из Црквенословенског језика и Црквеног певања. Објавио је књиге: Питања и одговори чтецу пред преоизводством (1988), Девич, манастир Светог Јоаникија Девичког (1989), (друго издање 1997), Молитве и молбе (1990). Више од двадесет година објављивао је студије из Литургике у виду питања и одговора у Гласнику Српске Православне Цркве. Од ових студија настало је тротомно дело Да нам буду јаснија нека питања наше вере, I, II, III (1998). Заслугом патријарха Павла 1973. године умножен је у 300 примерака Октоих из штампарије Ђурђа Црнојевића, који се чува у манастиру Дечанима, и објављено допуњено издање Србљака (1986). Приредио је фототипско издање литургијских студија Христијанскије праздники од М. Скабалановића. Дуго година је био председник Комисије Светог архијерејског синода за превод Светог писма Новог завета. Први превод званично одобрен од Цркве објављен је 1984, а поправљено издање овог превода 1990. године. Исто тако био је председник Литургичке комисије при Светом архијерејском синоду, која је припремила и штампала Служебник на српском језику. Имајући у виду заслуге патријарха Српског Павла на научном богословском пољу, Богословски факултет Српске Православне Цркве у Београду доделио му је 1988. године звање почасног доктора богословља.
На крају 20 века Српска Православна Црква припрема посленике на њиви Господњој у 6 богословија (у Београду, Сремским Карловцима, Призрену, Србињу, Цетињу и Крагујевцу); на два Богословска факултета (Београд, Либеритивил) на Духовној академији Светог Василија Острошког Србиње (Фоча) и на Богословском институту у Београду.
др Предраг Пузовић,
Професор Историје СПЦ на
Богословском факултету у Београду